истечение срока исковой давности не прекращает материальные правоотношения сторон (с) письмо Минфина старое.
т.е. долг будет висеть в ФНС, несмотря на пропуск срока исковой давности для его взыскания.
будете потом как-нибудь налоговый вычет получать - ФНС в рамках выплаты вычета уменьшит его на сумму висящего долга